Implementierungsleitfaden für den „Sample Locator“

Der „Sample Locator“ ermöglicht WissenschaftlerInnen die Suche nach Bioproben und zugehörigen Daten in akademischen Biobanken, derzeit noch überwiegend in Deutschland. Zugleich verhilft das Online-Suchtool den daran angeschlossenen Biobanken zu mehr Sichtbarkeit. Der Sample Locator wurde von einem interdisziplinären Entwicklerteam der German Biobank Alliance (GBA) unter dem Dach des German Biobank Node (GBN) und gemeinsam mit dem Deutschen Konsortium für Translationale Krebsforschung (DKTK) entwickelt. Ein kürzlich veröffentlichter Implementierungsleitfaden beschreibt, wie eine Biobank an den Sample Locator angeschlossen wird und welche Voraussetzungen dafür erfüllt sein müssen. Er enthält auch eine Schritt-für-Schritt-Anleitung.

IT-Infrastruktur

Die technische Grundlage für den Sample Locator bildet die IT-Infrastruktur des GBN – ein föderiertes Netzwerk von sogenannten Brückenköpfen. Dabei handelt es sich um Datenintegrations-Server, die von jeder Biobank etabliert und mit relevanten Daten der Biobank (Probendaten) und aus klinischen Systemen (klinische Daten) am Standort befüllt werden. Der Betrieb erfolgt unter lokaler Hoheit der Standorte, die die volle Kontrolle über ihre Proben bzw. Daten behalten.

Von der Machbarkeitsanfrage bis zum „Negotiator“

Über die zentrale Suchoberfläche des Sample Locator nutzen ForscherInnen eine dezentrale Suche, um Bioproben und -daten für ihre wissenschaftlichen Vorhaben zu finden („Machbarkeitsanfrage“). Die Brückenköpfe der Biobanken werten die Suchanfragen aus und identifizieren potenziell passende Proben. Nach erfolgreicher Machbarkeitsanfrage über den Sample Locator melden sich die anfragenden ForscherInnen an, um Kontakt mit den für sie relevanten Biobanken aufzunehmen und ihre Anfrage zu verfeinern. Hierfür wurde der „Negotiator“ entwickelt. Die Registrierung erfolgt über das Deutsche Forschungsnetz (DFN). Über den Negotiator können die Anfragenden mit mehreren Biobanken effektiv gleichzeitig kommunizieren und auch vertrauliche Informationen bilateral austauschen.

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