Der „Sample Locator“ ermöglicht Wissenschaftler*innen die Suche nach Bioproben und zugehörigen Daten in akademischen Biobanken. Das Online-Suchtool wurde vom German Biobank Node (GBN) in Zusammenarbeit mit dem Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) Heidelberg entwickelt und nun in einer neuen Publikation detailliert beschrieben.
Ausführliche Publikation in „Computers in Biology and Medicine“
Im September ist „The sample locator: A federated search tool for biosamples and associated data in Europe using HL7 FHIR“ in „Computers in Biology and Medicine“ erschienen. Erstautorin Dr. Cecilia Engels und Kolleg*innen zeichnen darin die Entwicklung der zugrunde liegenden IT-Infrastruktur nach: von den Hintergründen und Anforderungen über den Aufbau bis zu Weiterentwicklungen. Der Sample Locator ist seit 2019 in Betrieb und verbindet aktuell 16 akademische Biobanken in Deutschland und Europa.
Sichtbar, interoperabel, Open Source
„Ziel unserer Entwicklung war es, die Probleme der geringen Sichtbarkeit von Biobanken, uneinheitlicher Nutzungs- und Zugangsregeln, nicht interoperabler Datensätze und des fehlenden Zugangs zu wertvollen Proben, die über verschiedene Sammlungen und Standorte verstreut sind, zu lösen,“ heißt es einleitend in der Publikation. Dies gelang mit einer Dateninfrastruktur, die eine Echtzeit-Suche nach Bioproben auf Spender*innenebene ermöglicht. Dabei wurden die FAIR-Prinzipien (Findability, Accessibility, Interoperability, Reusability) umgesetzt, um sicherzustellen, dass sowohl die Bioproben als auch die zugehörigen Daten in vollem Umfang gemeinsam genutzt und integriert werden können. „Die entwickelte Infrastruktur basiert auf dem HL7-Standard FHIR und ermöglicht einen föderierten Zugriff auf die Metadaten von Bioproben,“ erklärt Dr. Cecilia Engels. „Die Daten bleiben also dezentral in den Biobanken, während die Ergebnisse zentral verarbeitet werden – ein Modell, das Datensicherheit und Zugänglichkeit optimal verbindet.“
Nutzung auf europäischer Ebene
Als „Locator” wird der Sample Locator seit 2023 auch von der europäischen Biobanken-Organisation BBMRI-ERIC genutzt, um Biobanken in ganz Europa stärker zu vernetzen. „Das Bekenntnis zu Open-Source-Software und offenen Datenstandards hat sich als Schlüsselfaktor für die Vernetzung von Forschungs-Communitys erwiesen“, kommentiert Prof. Dr. Martin Lablans, IT-Verantwortlicher am DKFZ Heidelberg, den Erfolg des Locator-Prinzips. „Die gleiche Technologie wird nun mit einer Vielzahl von Datentypen und Abfragesprachen von zahlreichen Konsortien genutzt, die alle wiederum zu dieser Technologie beitragen.“
Ausblick
In Zukunft soll die Infrastruktur weiter verbessert werden, um beispielsweise auch spezifische Abfragen im Bereich der Onkologie zu ermöglichen. Die Integration weiterer europäischer Biobanken wird die biomedizinische Forschung in Europa nachhaltig stärken.
Weitere Informationen und Links:
- Engels C, Kern J, Dudová Z, Deppenwiese N, Kiel A, Kroll B, Kussel T, Schüttler C, Tomášik R, Hummel M, Lablans M, German Biobank Alliance (GBA) IT development team. The sample locator: A federated search tool for biosamples and associated data in Europe using HL7 FHIR. Computers in Biology and Medicine (2024).
- Online-Suchtool Sample Locator
- Beschreibung des Sample Locator auf der GBN-Website
- BBMRI-ERIC-Mitteilung: „Locator – a powerful tool to enhance visibility and findability of samples and data in Europe’s biobanks”
