IT

Mit einer vernetzten IT-Infrastruktur zu multizentrischen Probensammlungen.

Das IT-Netzwerk des German Biobank Node (GBN) verbindet Biobanken und ermöglicht es auf diese Weise, Bioproben und zugehörige Daten auch standortübergreifend aufzufinden.

Sample Locator

Der Sample Locator (samplelocator.bbmri.de) ermöglicht Wissenschaftler*innen die Suche nach Bioproben und zugehörigen Daten in akademischen Biobanken, überwiegend in Deutschland. Das Online-Suchtool wurde von einem interdisziplinären Entwicklerteam der German Biobank Alliance (GBA) unter dem Dach des German Biobank Node (GBN) entwickelt. Es basiert auf früheren Arbeiten des Deutschen Krebsforschungszentrums (DKFZ) und des Common Service IT von BBMRI-ERIC. Der Quellcode ist hier verfügbar. Der Implementierungsleitfaden beschreibt, wie eine Biobank an den Sample Locator angeschlossen wird und welche Voraussetzungen dafür erfüllt sein müssen. Er enthält auch eine Schritt-für-Schritt-Anleitung.

Machbarkeitsanfrage

Die erste Stufe der Suche nach Bioproben und Daten ist eine frei zugängliche Machbarkeitsanfrage. Das Ergebnis im Sample Locator zeigt, wie viele Proben mit den angefragten Suchkriterien in den Biobanken vorhanden sind. Erst nach Anmeldung (es genügt eine institutionelle E-Mail-Adresse sowie das Account-Passwort, wenn die betreffende Institution vom Deutschen Forschungsnetz (DFN) gelistet ist – eine Anleitung zur Registrierung finden Sie hier) erfahren die Nutzer*innen, an welchen Standorten wie viele Proben von wie vielen Spender*innen verfügbar sind.

Proben anfragen

Um Proben anzufragen, registrieren sich Nutzer*innen über ihren institutionellen E-Mail Account (DFN) oder über LifeScience Hostel (weitere Informationen zum Registrierungsprozess hier). Dann wählen sie die gewünschten Biobanken aus und werden automatisch vom Sample Locator zum Negotiator weitergeleitet. Der Negotiator ist eine Kommunikationsplattform, die es den anfragenden Forscher*innen ermöglicht, mit mehreren Biobanken effektiv gleichzeitig zu kommunizieren, während die Biobanken Informationen über die Verfügbarkeit von Proben/Daten vertraulich zur Verfügung stellen können.

Video: Anbindung von Biobanken an den Sample Locator

Deniz Tas, wissenschaftlicher Mitarbeiter am DKFZ, erklärt im Video, wie die zur Anbindung von Biobanken an den Sample Locator erforderlichen „Brückenköpfe“ installiert werden. Es ist die Aufzeichnung eines Vortrags, den Tas während des „GBA-Anwendertages“ am 24. Februar 2021 hielt.

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germanbiobanknode@charite.de

Tel. +49. 30. 450 536 347


Fax +49. 30. 450 753 69 38

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