IT

Mit einer vernetzten IT-Infrastruktur zu multizentrischen Probensammlungen.

Das IT-Netzwerk des German Biobank Node (GBN) verbindet Biobanken und ermöglicht es auf diese Weise, Bioproben und zugehörige Daten auch standortübergreifend aufzufinden.

Infrastruktur

Die IT-Infrastruktur des German Biobank Node (GBN) besteht aus einem föderierten Netzwerk von sogenannten Brückenköpfen. Dabei handelt es sich um Datenintegrations-Server, die von jeder Biobank etabliert und mit relevanten Daten der Biobank (Probendaten) und aus klinischen Systemen (klinische Daten) am Standort befüllt werden. Der Betrieb erfolgt unter lokaler Hoheit der Standorte, die die volle Kontrolle über ihre Proben bzw. Daten behalten. Das Datenschutzkonzept stellt dar, wie die Anforderungen von Datenschutz und Datensicherheit nach Vorgaben der EU-Datenschutz-Grundverordnung (EU-DSGVO) dabei erfüllt werden. Das Datenschutzkonzept sowie weiterführende Dokumente finden Sie hier. Der aktuelle Datensatz ist auf SIMPLIFIER hinterlegt und hier zusätzlich in der Übersicht einer Tabelle verlinkt.

Die zugrundeliegende Open-Source-Software für die zentralen und lokalen Komponenten der Infrastruktur wird in Kooperation mit BBMRI-ERIC (Common Service IT) und dem Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) kontinuierlich weiterentwickelt. Der Quellcode ist hier verfügbar. Der Implementierungsleitfaden beschreibt, wie eine Biobank an den Sample Locator angeschlossen wird und welche Voraussetzungen dafür erfüllt sein müssen. Er enthält auch eine Schritt-für-Schritt-Anleitung.

 

Sample Locator
Über die zentrale Suchoberfläche des Sample Locator nutzen ForscherInnen eine dezentrale Suche, um Bioproben und -daten für ihre wissenschaftlichen Vorhaben zu finden („Machbarkeitsanfrage“). Die „Brückenköpfe“ der Biobanken werten die Suchanfragen aus und identifizieren potenziell passende Proben. Weitere Informationen zum Sample Locator finden Sie hier.

Authentifizierung und Negotiator
Nach erfolgreicher Machbarkeitsanfrage über den Sample Locator melden die NutzerInnen sich an, um Kontakt mit den für sie relevanten Biobanken aufzunehmen und ihre Anfrage zu verfeinern. Hierfür wurde der Negotiator entwickelt. Die Registrierung erfolgt über das Deutsche Forschungsnetz (DFN). Über den Negotiator kommunizieren die Anfragenden mit mehreren Biobanken effektiv gleichzeitig, während die Biobanken Informationen über die Verfügbarkeit von Proben/Daten auch vertraulich zur Verfügung stellen können.

Brückenkopf mit Store und Connector
Der in den Biobanken implementierte Brückenkopf setzt sich aus einem Store, in dem sich die Daten befinden, und einem Connector zusammen. Für eine größtmögliche Interoperabilität werden die Daten nach dem internationalen HL7-FHIR®-Standard harmonisiert. Dies gelingt über einen lokalen ETL-Prozess (Extraktion, Transformation, Laden). Der Implementierungsleitfaden beinhaltet ausführliche Informationen zur technischen Umsetzung der Datenharmonisierung und lokalen Installation eines Brückenkopfes.

German Biobank Directory
Das German Biobank Directory bietet einen Überblick über die in Deutschland vorhandenen, für die biomedizinische Forschung relevanten Biobanken. In diesem zentralen Register stellen Biobanken neben Kontaktdaten auch aggregierte Informationen zu Probensammlungen zur Verfügung. Biobanken mit Anschluss an die IT-Infrastruktur des GBN können die Angaben im German Biobank Directory automatisch aktualisieren. Die Kommunikation zwischen ForscherInnen und Biobanken erfolgt wie beim Sample Locator über den Negotiator. Weitere Informationen zum German Biobank Directory finden Sie hier.

Haben Sie Fragen?

germanbiobanknode@charite.de

Tel. +49. 30. 450 536 347


Fax +49. 30. 450 753 69 38

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